北京日本学研究中心正式成立于1985年9月，是中华人民共和国国家教育部与日本国国际交流基金为促进两国的教育文化交流而共同创建的。地点设在北京外国 语大学。北京日本学研究中心自1985年成立以来，在中华人民共和国国家教育部和日本国国际交流基金的共同合作指导以及日本驻华大使馆的支持配合下，在北 京外国语大学的直接领导下，已经顺利地实施了四个五年计划。2005年9月开始实施2005年—2008年新的三年计划的实施细则。
北京日本学研究中心的前身，是根据1979年12月日本大平正芳前首相访问中国时，代表日本 政府与中国政府签订的文化交流协定，为培养中国大学日语教师，在北京建立的“全国日语教师培训班，”（在中国的日语教育和日本研究界，被大家亲切地称之为 “大平班”）。
北京日本学研究中心（北外部分）现包括硕士研究生课程、博士研究生课程、各专业研究室、图书资料部等部分。“中心”设立了客座教授、客座研究员制度。聘请 有关部门方面的中外专家学者和研究者到“中心”讲学和研究。同时日本国际交流基金每年派遣日本著名学者和教授来中心任教和集中讲学。北京日本学研究中心目 前已形成了以教学、科研、图书信息为三大支柱，全方位发展的办学模式及教学科研体制。“中心”创建20多年来，为教育、科研和对外交流部门培养、输送了 800余名硕士、博士、讲师以上高层次、高质量、高素质的日语教育和日本研究的专业人才，为中国现代化建设和发展中日两国教育文化交流、中日友好关系，做 出了重要贡献。北京日本学研究中心在教学上采用中日合作、共同培养的方式，其办学特点是“中日合作办学，联合培养人才。”教育部副部长章新胜曾经指出： “北京日本学研究中心是中日双方在教育方面合作成功的典范”。在新的三年计划中，北京日本学研究中心将进一步扩大对外交流，至目前为止，我们已与12个国 内外（包括日本、韩国）的大学、研究机构、民间团体建立了交流合作关系。
日本政府无偿援助新建的北京日本学研究中心教学科研楼已于2003年9月正式启用。新楼的建成，给北京日本学研究中心的教学、科研、图书信息和管理提供了一个良好的工作环境。它的建成是中日两国友好关系的象征。